تأسست الهيئة الاتحادية للهوية والجنسية والجمارك وأمن المنافذ بتاريخ 15 شعبان 1425هــ، الموافق 29 سبتمبر 2004م تحت اسم "هيئة الإمارات للهويّة"، بموجب المرسوم بقانون اتحادي رقم (2) لسنة 2004 لإنشاء "برنامج السجل السكاني وبطاقة الهوية"، الذي تضمن تسجيل البيانات الشخصية والحيوية لكافة السكان بالدولة وحفظها على قواعد إلكترونية بالتنسيق مع الجهات المختصة، وإصدار بطاقة الهوية لكل فرد يتمّ تسجيله بحيث تحتوي على رقم الهويّة وبيانات مقروءة وبيانات مخزنة على شريحة إلكترونية يتم التعامل بها لدى كافة الجهات.

واختصت الهيئة منذ تأسيسها بتقديم خدمات تعريف وتأكيد هويات الأفراد للجهات الحكومية الاتحادية والمحلية وأي جهات أخرى، وتحديد الوسائل المتبعة في ذلك، وقد منحها القانون لهذا الغرض الحق في طلب البيانات والمعلومات اللازمة من الجهات المختصة في الدولة لخدمة أهدافها. 

وجاء المرسوم بقانون اتحادي رقم 3 لسنة 2017 ليشكل منعطفاً مهمّاً وكبيراً في مسيرة عمل الهيئة؛ بعد أن تقرر تحويلها إلى "الهيئة الاتحاديّة للهويّة والجنسيّة" وإضافة اختصاصات جديدة إلى مهامها هي: شؤون الجنسية، وجوازات السفر، ودخول وإقامة الأجانب في الدولة، ونقل الاختصاصات والصلاحيات المقررة لوزارة الداخلية في هذا المجال إليها.